2021年以来，市疾控中心多次运用基因组测序新技术在新冠肺炎疫情应急处置中发挥一锤定音作用，为第一时间开展流调溯源、精准防控提供技术支撑。2021年12月至今，市疾控中心在相继发生的2021年上虞区12.7新冠疫情、2022年所有本土新冠疫情中均运用基因组测序新技术快速鉴定新冠肺炎病毒型别，对新冠肺炎病毒追踪溯源，目前已累计开展新冠阳性病例基因测序55例，为病例的流行病学调查、疫情防控提供技术支撑。

在本轮柯桥区5.22、5.23新冠疫情中，最初流行病学调查指向病例疑来自同一传播链条，流调溯源工作陷入迷雾。为明确感染来源，在省疾控中心指导和帮助下，市疾控中心第一时间对4份阳性病例标本、4份上海隔离病人阳性标本，9份工作环境物品采样分析，序列比对和同源分析结果显示：1号病例基因测序结果为VOC/Omicron BA.2.2进化分支，与2份上海隔离病人测序结果完全同源；而3号病例的基因测序结果为VOC/Omicron BA.2.3进化分支，与进口快递物品测序结果完全同源，且该序列目前省内尚无相同序列，基于以上快速、精准研判，明确本轮柯桥疫情为两起独立疫情，及时锁定了新冠病毒的感染来源，为进一步精准分析传播链条、风险研判、区域核酸检测等应急处置工作提供有力支撑。

据悉，基因组测序工作与新冠病毒核酸检测工作不同，检测时间更漫长，工作流程更复杂，结果判定更繁琐，测序总共需要通过核酸提取，反转录扩增，质量检查，构建文库，质量检查，上机测序，比对分析7个步骤，一次实验下来基本在12小时左右，如果碰到质量不好的阳性标本，还需要加长测序时间从而增加数据量或者重新采集非灭活管进行测序。阳性标本的初次检出一般都是在晚上，市疾控中心实验人员分成3组，在接到阳性标本后，第一时间进行测序，24小时不间断进行测序工作，在新冠肺炎疫情溯源中一锤定音。