丙型肝炎病毒（hepatitis C virus, HCV）感染是全球重大的公共卫生问题之一，可导致急性和慢性肝炎。大部分感染者可以自愈，严重者可发生肝硬化或肝癌，危及生命。世界卫生组织最新估计，全世界有5000万丙型肝炎感染者，每年有100万新增感染，2022年丙型肝炎死亡人数为24.4万人，占所有病毒性肝炎死亡人数的17%。中国是全球丙型肝炎疾病负担最重的国家之一，有400万人感染HCV，占全球HCV感染的8.1%。目前尚无有效的HCV预防性疫苗。

一、治肝过程中的难题

目前丙肝主要的治疗方案是使用直接抗病毒药物（direct antiviral agents, DAAs）。根据DAAs作用于HCV基因的位点不同共分为三大类：NS3/4A蛋白酶抑制剂、NS5A蛋白抑制剂、NS5B聚合酶抑制剂。DAAs可使95%以上的HCV患者得到治愈，但是仍有部分患者未能达到预期治疗结局，这与耐药突变的发生有关。

二、解决难题的“双通道”

为解决丙肝治疗的耐药难题，检测HCV的耐药突变很有必要。HCV耐药检测分为表型耐药和基因型耐药检测。前者耗时耗力，尚未广泛应用，而基因型耐药检测易于操作，是目前广泛应用的检测方法，分为一代测序和深度测序。

1.一代测序的优缺点

一代测序是目前HCV耐药检测广泛应用的方法，具有高度的准确性和简单、快捷等特点，测序价格较低、适用于获得低数据量的快速研究项目。但与深度测序相比，一代测序获得的数据量小、过程费时费力、灵敏度不高、易出现漏检。综合考虑该技术的优势和局限，一代测序可以在成本有限且对数据量要求不高、想短时间快速获得HCV耐药突变的情况下使用。

2.深度测序的优缺点

深度测序技术具有针对性强、数据量大、准确性高等优点，应用前景广泛。相比一代测序技术，深度测序获得的数据量大大提高、测序结果更为可靠、可以同时检测多个样本，更能准确发现HCV耐药突变。但高数据量测序的检测成本昂贵、读长较短、可能发生碱基错误，数据处理较一代测序复杂。因此深度测序在同时检测多个样本的耐药突变信息并希望获得高数据量且成本较充足的情况下使用。

（信息来源于中国疾控中心艾防中心公众号）